Одним з головних переваг Японії є те, що національні університети стягують однакову плату за навчання з японських та іноземних студентів, без будь-яких додаткових зборів з іноземних студентів.
Стандартна річна плата за навчання в національному університеті становить близько 535 800 ієн, плюс одноразовий вступний внесок (нюугакукин) у розмірі близько 282 000 ієн при зарахуванні. У державних університетах (державних / префектурных) вартість порівнянна, але вступний внесок для студентів з—за меж префектури, включаючи іноземців, зазвичай, вище – близько 390 000 ієн. Приватні університети стоять помітно дорожче— 800 000-1 500 000 єн в рік плюс окремий вступний внесок в розмірі 200 000-300 000 ієн.
Крім навчання, студентам також необхідно покривати витрати на проживання, які можуть становити від 60 000 до 120 000 ієн на місяць, в залежності від міста, а також витрати на страховку, харчування і транспорт. Реальний річний бюджет для студентів становить від 1 300 000 до 2 500 000 ієн (приблизно від 8 700 до 16 800 доларів США), в залежності від типу університету та міста. Крім того, близько 20-30% студентів національних університетів отримують часткова або повна відмова від навчання в залежності від їх успішності чи фінансового положення.
